Οι Τούρκοι κατέλαβαν τα Χανιά στις 12 Αυγούστου του 1645 μετά από πολιορκία που κράτησε πάνω από έναν μήνα. 253 χρόνια τυραννίας διήρκησε η τουρκική κατοχή (Νοέμβριος 1898) και τούτο είναι το ιστορικό της Αλωσης: Με αφορμή την αιχμαλωσία πλοίου, που έστελνε ο Σουλτάνος στη Μέκκα, από Μαλτέζους ιππότες, οι οποίοι άραξαν στην Κρήτη, ξεκίνησε η εκστρατεία των Οθωμανών κατά της μεγαλονήσου.
Η Κρήτη διήνυε κατά το σωτήριο έτος 1645 το 435ο έτος κατοχής της από τη Δημοκρατία του Αγίου Μάρκου της Βενετίας. Ο Σουλτάνος, όταν έμαθε ότι οι Μαλτέζοι ιππότες πούλησαν ένα μέρος της λείας τους στην Κρήτη, διέταξε να ετοιμαστεί στόλος και στρατός ισχυρός και να βάλει πλώρη ενάντια στη Μάλτα.
Σκοπός του όμως ήταν να κατακτήσει την Κρήτη. Στις 24 Ιουνίου 1645 50.000 στρατιώτες με αρχηγό τον Ιμπραήμ (Αβραάμ) Πασά αποβιβάστηκαν δυτικά των Χανίων κοντά στο μοναστήρι της Γωνιάς στο Κολυμπάρι. Πρώτα επιτέθηκαν στη νήσο Θοδωρού όπου μετά από ηρωική αντίσταση ο φρούραρχος Ιουλιανός έβαλε φωτιά στην μπαρουταποθήκη κι ανατινάχθηκε στον αέρα με τη φρουρά και τους Τούρκους που ορμούσαν μέσα.
Οι Τούρκοι, αφού λεηλάτησαν τον κάμπο, προχώρησαν προς τα Χανιά απ’ τη στεριά, ενώ ο στόλος βομβάρδιζε την πολιτεία απ’ τη θάλασσα. Η βενετσιάνικη φρουρά Χανίων αποτελούνταν από 3.000 άντρες που βοηθούνταν και από ντόπιους. Επτά επιθέσεις απέκρουσαν οι Χανιώτες με μεγάλες απώλειες αυτών που τις έκαναν.
Οι Χριστιανοί οργάνωσαν και συγκέντρωσαν αρκετό στρατό στη χανιώτικη πεδιάδα προχωρώντας δε προς τα Χανιά δέχθηκαν επίθεση κοντά στο χωριό Τσικαλαριά και αναγκάστηκαν να οπισθοχωρήσουν.
Ο Ενετός ναύαρχος Καπέλλος στη Σούδα δεν τόλμησε να στείλει τον μικρότερο στόλο του να αναμετρηθεί με τον τούρκικο. Μόνο τρία κάτεργα (φορτηγά πλοία) ξεφεύγοντας την προσοχή των Τούρκων μέσ’ στη νύκτα μπήκανε στο λιμάνι των Χανίων και φέρανε βοήθεια στους πολιορκημένους. Μετά την άρνηση να παραδοθούν με όρους, οι Χανιώτες αντιστάθηκαν σθεναρά στη νέα επίθεση. Ένας υπόνομος (λαγούμι) που είχαν σκάψει και ανατινάξει οι Τούρκοι ήταν η αιτία δημιουργίας ανοίγματος στο δυτικό τείχος. Από εκεί όρμησαν μέσα και κατεβαίνοντας τη σημερινή Χάληδων, έφθασαν μέχρι τον Άγιο Φραγκίσκο. Εκεί, Ελληνας Χανιώτης σκότωσε τον αρχηγό Γιανίτσαρο που οδηγούσε την επίθεση με αποτέλεσμα να υποχωρήσουν οι Τούρκοι και να γκρεμισθούν από τα τείχη.
Η τελευταία έφοδος έγινε στις 7 Αυγούστου 1645 και απεκρούσθη. Δυστυχώς όμως η φρουρά των Χανίων είχε τεράστιες απώλειες, τα τείχη είχαν γκρεμιστεί σε πολλά μέρη, δεν ερχόταν καμία βοήθεια και έτσι το πολεμικό συμβούλιο πήρε απόφαση να προτείνει παράδοση στον πασά με όρους έντιμους.
Η πρόταση έγινε δεκτή και η φρουρά με όσους πολίτες ήθελαν φύγαν για τη Σούδα.
Οι Τούρκοι έτσι κυρίευσαν τα Χανιά στις 12 Αυγούστου 1645 και παραβιάζοντας την υπόσχεση που έδωσαν, κακοποίησαν τους Χριστιανούς που είχαν απομείνει, γκρεμίσανε τις Εκκλησίες ή τις έκαναν τζαμιά κι άρπαξαν γυναίκες.
Έτσι περιγράφεται η λεηλασία των Τούρκων από τον Μαρίνο Τζάνε Μπουνιαλή στον “Κρητικό πόλεμο”:
Στιάν βάνασι στα λιόφυτα τα μοναστήρια σπούσαν
και τα μετόχια τω φτωχώ εκαίγαν και χαλούσαν.
Πηγαίνοντας εχουγιάζασι και τα χωριά εφεύγαν,
κι αφίνασε τα σπίθια τως, κι οι Τούρκοι τα κουρσεύγαν.
Τα δέντρα ξερριζώνασι τον κόσμο αφανίσαν,
τη γην εμεταθέκασι, όπου κ’ αν επατήσαν.
*** * ***
Και πιάσαν τσοι γυναίκες τως εκεί και τσοι φιλήσαν
και τσ’ άνδρες, όπου βρήκασιν, εδείρασι και γδύσαν.
