Ο κοντινότερος συγγενής του έχει φτερά

Τα ερπετά είναι μια από τις ομοταξίες που βρίσκονται ενώπιον μιας μεγάλης ανατροπής. Νέες μελέτες κλονίζουν τις συγγένειες ανάμεσα στις σημερινές πέντε υποτάξεις (Χελώνια, Σφηνοδόντια, Κροκοδείλια, Οφίδια και Σαύρια). Τα Οφίδια και τα Σαύρια θεωρούνται ακόμη στενοί συγγενείς, ενώ τα Σφηνοδόντια και τα Χελώνια είναι αμφότερα μοναδικά. Ο κροκόδειλος συγγενεύει περισσότερο με τα πτηνά παρά με
τα άλλα ερπετά.