Εντός του Εθνικού Δρυμού υπάρχουν πέντε μικροί μονόχωροι ναοί χρονολογημένοι αρμοδίως και ιστορικά από τις αρχές του 14ου αιώνα μέχρι και τον 18ο. Για τις προαναφερόμενες εκκλησίες εκπονήθηκαν το 2019 μελέτες αποκατάστασης από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Χανίων, οι οποίες αφορούν στην επίλυση στατικών θεμάτων, καθώς και στην αντικατάσταση των στοιχείων που πάσχουν από έντονες διαβρώσεις και αποσταθεροποίηση δομικών στοιχείων.
Το 2020 εγκρίθηκε η μελέτη με ΑΔΑ: ΨΖΤ04653Π4-97Ι Υπουργική απόφαση ΥΠΠΟΑ, ενώ με την υπ’ αρ. 4575/28-09-2020 Απόφαση ένταξης η πράξη εντάχθηκε στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κρήτη 2014-2020» με Κωδικό ΟΠΣ 5053961, προϋπολογισμό 350.000,00 ευρώ, και τίτλο Αποκατάσταση και ανάδειξη πέντε εκκλησιών στον Εθνικό Δρυμό Σαμαριάς. Το έτος 2021 η Εφορεία Αρχαιοτήτων Χανίων προέβηκε στην πρόσληψη Πολιτικού Μηχανικού, για την προετοιμασία γραφειοκρατικών διαδικασιών για αναθέσεις προμηθειών οικοδομικών κλπ και έγινε ανάθεση εργασιών ανακεράμωσης, λιθοσυρραφών κλπ σε εξειδικευμένους εργολήπτες.
Ο στόχος της πράξης συνίσταται στην αποκατάσταση, ανάδειξη και ευπρεπισμό των ναών, έτσι ώστε να παραδοθούν στατικά και μορφολογικά αποκατεστημένοι και ενδεχομένως επισκέψιμοι, εντασσόμενοι αρμονικά στο φυσικό περιβάλλον του Δρυμού. Αρχές της εβδομάδας ξεκίνησαν οι εργασίες αποκατάστασης στον ιερό ναό Άγιου Γεώργιου στον Οικισμό της Σαμαριάς υπό την επίβλεψη της Εφορίας Αρχαιοτήτων Χανιών
Η Δασική Υπηρεσία Χανίων μετά από προσπάθειες ετών και με την σύμπνοη και διαχρονική συνεργασία πολλών χρόνων με την τοπική Αρχαιολογική Υπηρεσία, επιτυγχάνει ένα κομβικό στόχο της που συγκυριακά συμπίπτει με τα 60 χρόνια από την Ίδρυση του Εθνικού Δρυμού Σαμαριάς (ΦΕΚ τΑ200/1962)
