O διευθυντής του τομέα Βιοχημείας στο Ολλανδικό Ινστιτούτο για τον Καρκίνο μιλά για τον σχεδιασμό νέων αντικαρκινικών φαρμάκων
Ενθαρρυντικά μηνύματα όσον αφορά την θεραπεία των καρκινικών όγκων από τον Κρητικό Αναστάση Περράκη, Διευθυντή του τομέα Βιοχημείας στο Ολλανδικό Ινστιτούτο για τον Καρκίνο, ειδικό στην δομική βιολογία και τις δομές μακρομορίων για σχεδιασμό νέων οδηγών αντικαρκινικών φαρμάκων, ερευνητή στο Ινστιτούτo Oncode και Καθηγητή στο Πανεπιστήμιο της Ουτρέχτης.
Ο Λασιθιώτης επιστήμονας ο οποίος σήμερα αποτελεί έναν διεθνώς αναγνωρίσιμο ειδικό στην κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ, μελετά τις πρωτεΐνες που παίζουν ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου, αλλά αναπτύσσει και τεχνικές για την ανάλυση αυτών των δομών. Παράλληλα με την ερευνητική του ομάδα σχεδιάζει νέους οδηγούς αντικαρκινικών φαρμάκων. Σε μια συνέντευξη εφ’ όλης της ύλης στα «Χανιώτικα νέα» ο κ. Περράκης εξηγεί αναλυτικά τους νέους δρόμους που ανοίγει η έρευνα στην κατανόηση και θεραπεία των καρκίνων αλλά και την επίδραση της τεχνητής νοημοσύνης στην Ιατρική…
Ποιους θεωρείτε σημαντικούς σταθμούς της ερευνητικής σας πορείας από την Ελλάδα μέχρι το Ολλανδικό Ινστιτούτο για τον Καρκίνο και το Πανεπιστήμιο της Ουτρέχτης στην Ολλανδία;
Το διδακτορικό μου και η πρώτη μου ερευνητική ομάδα στο Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας, την εποχή που ήταν διευθυντής ο μεγάλος συντοπίτης μας Φώτης Καφάτος, παρότι ήταν για πολύ λιγότερα χρόνια (4+3) από ότι η Ολλανδία (25!) ήταν
απίστευτα σημαντικά. Με διαμόρφωσαν ως τεχνολόγο, υπήρξαν καταλυτικά για να εξελιχθώ σε έναν διεθνώς αναγνωρίσιμο ειδικό στην κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ. Η Ολλανδία με διαμόρφωσε ως επιστήμονα, με βοήθησε να διατυπώνω σημαντικά ερωτήματα και να τα απαντώ συνεργατικά ανεξάρτητα τεχνικών επιλογών.
Μαζί με την ερευνητική σας ομάδα στο Ολλανδικό Ινστιτούτου Καρκίνου, το 1999 αναπτύξατε το λογισμικό ARP/wARP, το οποίο σήμερα χρησιμοποιείται για την κατασκευή της δομής μιας πρωτεΐνης μέσω ενός πειράματος ακτίνων Χ. Σήμερα σε ποιο σημείο βρίσκεται η έρευνα σας;
Η εργασία αυτή πέρασε και από το Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας και από το Ολλανδικό Ινστιτούτου για τον Καρκίνο: οι εργασίες είναι από το 1997 μέχρι και το 2008, με σημαντικότερη αυτή του 1999 που αναφέρατε φυσικά. Το 2010 περίπου άφησα την έρευνα αυτή, και το ARP/ wARP, έχει αρχίσει να ξεπερνιέται. Το ενδιαφέρον της ομάδας τεχνολόγων που διατηρώ, μετακινήθηκε στην βελτιστοποίηση της δομής πρωτεϊνών (και όχι στην αρχική κατασκευή τους όπως το ARP/wARP) με το PDBREDO. Η δημιουργία του APR/wARP ήταν βασισμένη μαθηματικά στο πεδίο που τότε ονομαζόταν συνήθως «στατιστική αναγνώριση προτύπων» και σήμερα έχει εξελιχθεί αλγοριθμικά με την βοήθεια των γραφικών επεξεργαστών στον τομέα που αναφέρουμε γενικότερα ως τεχνητή νοημοσύνη ή πιο σωστά «βαθιά μάθηση». Αυτή η σχέση έφερε την ομάδα μου σε ένα πολύ καλό σημείο εκκίνησης για να συμβάλλει με την εμπειρία της στην επανάσταση της τεχνητής νοημοσύνης στον τομέα της ανάλυσης της δομής πρωτεϊνών και του σχεδιασμού φαρμάκων. Έτσι, πρόσφατα περάσαμε σε αλγόριθμους για την βελτιστοποίηση των μοντέλων που υπολογίζονται με τεχνικές μηχανικής μάθησης (τεχνητής νοημοσύνης) με το AlphaFill που δημοσιεύτηκε πριν ένα χρόνο περίπου και γνωρίζει πιο γρήγορη ακαδημαϊκή αναγνώριση από αυτή που είχε πριν δυόμισι δεκαετίες το APR/wARP.
Η ομάδα σας ασχολείται λοιπόν και με τους αλγορίθμους τεχνητής νοημοσύνης. Ποια θα είναι η επίδραση της τεχνητής νοημοσύνης στην Ιατρική πρακτική κατά την γνώμη σας;
Οι ιατρικές εφαρμογές δεν είναι η ειδικότητα μου, αλλά υπάρχουν τεράστιες εξελίξεις στον τομέα. Για παράδειγμα η εταιρεία-τεχνοβλαστός Ellogon που ιδρύθηκε στο Αμστερνταμ, από δύο εξαίρετους Έλληνες επιστήμονες ειδικούς στην τεχνητή νοημοσύνη και έναν συνάδελφο από το Ολλανδικό Ινστιτούτο για τον Καρκίνο, κάνει άλματα στην επεξεργασία εικόνας από π.χ. βιοψίες στον τομέα της διάγνωσης και την πρόβλεψης της εξέλιξης κάποιων καρκίνων. Στο ΝΚΙ όλες οι βιοψίες ζώων γίνονται από αλγόριθμους τεχνητής νοημοσύνης, αλλά και τις μαστογραφίες και τις βιοψίες ασθενών τις ελέγχει πρώτα μια τεχνητή νοημοσύνη που προτείνει τη διάγνωση στους ανατομοπαθολόγους που βγάζουν το τελικό πόρισμα.
Παρόμοιες εξελίξεις έχουμε παντού. Σε ό,τι έχει να κάνει με τον γενικότερο ιατρικό τομέα της Ακτινολογίας είναι θέμα χρόνου η τεχνητή νοημοσύνη να είναι γρηγορότερη και καλύτερη από τους ειδικούς. Σε άλλα θέματα, που έχουν να κάνουν με την συσχέτιση της εξέλιξης της νόσου και πρέπει να «μάθει» η τεχνητή νοημοσύνη να διαβάζει τους ηλεκτρονικούς φακέλους ασθενών με ασφαλή και ομοιογενή τρόπο, έχουμε πιο πολύ δρόμο, ειδικά στην Ελλάδα όπου δεν υπάρχουν πραγματικά ομοιογενείς ιατρικοί φάκελοι ασθενών σε βάθος χρόνου στην επικράτεια, από όσο γνωρίζω.
Μελετάτε τις πρωτεΐνες που παίζουν ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου, αλλά αναπτύσσετε και τεχνικές για την ανάλυση αυτών των δομών. Ποιους θεωρείτε κυριότερους παράγοντες που επηρεάζουν την ανάπτυξη του καρκίνου;
Δεν υπάρχει ένας καρκίνος. Είναι μια ομάδα ασθενειών. Κάποιοι καρκίνοι έχουν μεγάλη σχέση με κληρονομούμενα γονίδια (π.χ. αρκετοί καρκίνοι του μαστού), άλλοι καθορίζονται από τις πράξεις μας (η εμφάνιση καρκίνου του πνεύμονα επηρεάζεται αποφασιστικά από το
κάπνισμα ή άλλες εμπνεόμενες καρκινογόνες ουσίες όπως ο αμίαντος), άλλοι σχετίζονται με το μεταβολικό σύνδρομο (π.χ. οι καρκίνοι του ήπατος), για άλλους είναι ακόμα πιο πολύπλοκοι οι μηχανισμοί, και πιθανά διαφέρουν από άνθρωπο σε άνθρωπο και οφείλονται και στην… τύχη, ή μάλλον σε ατυχία.
Σχετικά με τα νεότερα ερευνητικά δεδομένα για την θεραπεία του καρκίνου, πόσο κοντά βρισκόμαστε στην κατανόηση και θεραπεία των καρκινικών όγκων; Πώς μπορούμε να κατανοήσουμε την ασθένεια του καρκίνου τόσο καλά ώστε να μπορέσουμε να αναπτύξουμε μια θεραπεία για κάθε τύπο καρκίνου;
Πολλοί καρκίνοι είναι ήδη απλά χρόνια νοσήματα. Όπως ένας διαβητικός ζει με την ινσουλίνη ή ένας καρδιοπαθής ζει με β-αναστολείς, ένας υπερτασικός ζει με κάποια για την πίεση, έτσι και πολλοί καρκινοπαθείς ζουν – με υψηλή ποιότητα ζωής – με τον καρκίνο, και αρκετοί ξεπερνάνε τον καρκίνο εντελώς – παράδειγμα αρκετές παιδικές λευχαιμίες, οι περισσότεροι καρκίνοι του μαστού σε γυναίκες, και πολλές περιπτώσεις καρκίνων των όρχεων για άντρες, έχουν προσδόκιμο επιβίωσης πάνω από δέκα χρόνια για 8-9 στους 10 ασθενείς. Στον καρκίνο του πνεύμονα και σε μελανώματα, οι ανοσοθεραπείες κρατάνε σε καλή ποιότητα ζωής 1 με 2 στους πέντε ασθενείς που πριν δέκα χρόνια θα “έπρεπε” να είναι νεκροί. Έχουμε πολλούς μικρούς θριάμβους σχεδόν καθημερινά. Αλλά κάποιοι άλλοι καρκίνοι, όπως στο πάγκρεας, οδηγούν στον θάνατο γρήγορα. Η ελπίδα μας είναι πως οι καρκίνοι που δεν είναι ιάσιμοι, θα είναι χρόνιες ασθένειες με καλή και μακρόχρονη ποιότητα ζωής.
Η έρευνα σας είναι επίσης σημαντική για την αξιολόγηση των υφιστάμενων φαρμάκων και για την ανάπτυξη νέων. Υπάρχουν προσδοκίες πως οι επιστήμονες θα έχουν σύντομα στην «φαρέτρα» τους καλύτερα, εξατομικευμένα φάρμακα για την θεραπεία του καρκίνου; Και εάν, ναι, που εδράζονται;
Έχουμε πλέον φάρμακα ευρέως φάσματος (τις κλασσικές χημειοθεραπείες), στοχευμένα φάρμακα νέα γενιάς, διάφορες ανοσοθεραπείες, αρκετές κυτταρικές θεραπείες, σιγά-σιγά και θεραπευτικά εμβόλια. Παρόλο που ο τομέας μου είναι τα στοχευμένα φάρμακα (χημικές ενώσεις μικρού μεγέθους με ειδική δράση σε πρωτεΐνες-στόχους) η μεγάλη αλλαγή ήταν και είναι η ανοσοθεραπεία, η λήψη ειδικών αντισωμάτων, ενώ και η κυτταρική θεραπεία δίνει αξιοπρόσεκτα αποτελέσματα, αλλά και τα εμβόλια προβάλλουν μεγάλες υποσχέσεις. Σε όλες τις θεραπευτικές προσεγγίσεις έχουμε τεράστια πρόοδο ερευνητικά. Ακόμα και η διάγνωση και η χειρουργική αλλάζουν με την τεχνητή νοημοσύνη.
Ποιες οι κύριες διαφορές όσον αφορά την έρευνα στην Ελλάδα και στο εξωτερικό;
Η αξιόπιστη τακτική ανταγωνιστική χρηματοδότηση για όλες τις ερευνητικές επιχορηγήσεις είναι η πλέον μεγάλη διαφορά. Στην Ελλάδα η ίδρυση του ΕΛΙΔΕΚ επί υπουργίας του συντοπίτη Κώστα Φωτάκη ήταν τεράστιο βήμα για ορθολογική χρηματοδότηση, παρά τα προβλήματα του. Το δεύτερο πρόβλημα είναι η παρανοϊκή γραφειοκρατία, οι ερευνητές αντί για έρευνα υπογράφουν διαγωνισμούς για προμήθεια χαρτιού και μολυβιών ή μελανιών εκτύπωσης. Είναι απλά εκτός διεθνούς πραγματικότητας οι διαδικασίες στην Ελλάδα, για την αγορά χημικών και βιολογικών αντιδραστηρίων μέχρι χαρτιού τουαλέτας.
Θα εξετάζατε το ενδεχόμενο επιστροφής στην πατρίδα και υπό ποιες προϋποθέσεις;
Το εξέτασα το 2009, και εκλέχθηκα καθηγητής στην Ιατρική Πάτρας το 2013. Η οικονομική κρίση, τα παιδιά (που … πήγαν σχολείο μέχρι να εκλεγώ), η καριέρα της συζύγου μου, η αναπαλαίωση του πατρικού στην Κρήτη που έκανε την Πάτρα λιγότερο θελκτική, μας έκαναν να αποφασίσουμε να μείνουμε στην Ολλανδία. Κάποιες προσπάθειες για την Κρήτη δεν
ευδόκησαν τότε, οι ερευνητικές προτεραιότητες του Πανεπιστημίου και του Ινστιτούτου δεν ταίριαξαν ποτέ με τις δικές μου – και ίσως καλώς, διότι είμαι σε ένα τομέα που χρειάζεται επενδύσεις δεκάδων εκατομμυρίων σε υποδομές που δεν είναι απαραίτητα χρήσιμες σε άλλους συναδέλφους στην Κρήτη. Από το 2023 πάντως τρέχω ένα ευρωπαϊκό ερευνητικό πρόγραμμα δυόμισι εκατομμυρίων με τους συναδέλφους στην Πάτρα, και περνάω εκεί αρκετό χρόνο. Από φέτος θα διδάσκω τα πρώτα κεφάλαια βιοχημείας στους πρωτοετείς του ξενόγλωσσου της Ιατρικής του Πανεπιστημίου Ηρακλείου, εντατικά για μια εβδομάδα. Σίγουρα θέλω να εμπλακώ στην ελληνική έρευνα περισσότερο, και όταν υπάρχουν δυνατότητες και ενδιαφέρον, ανταποκρίνομαι. Για να επιστρέψω οριστικά, όχι για πριν το 2029-2030, για οικογενειακούς λόγους, αλλά δεν θα είμαι τότε ούτε 60 χρονών, οπότε καλά να είμαστε και βλέπουμε.
Συνεπώς η σχέση σας με την Κρήτη παραμένει δυνατή…
Πέραν από την καταγωγή του πατέρα μου, ήταν οι καλοκαιρινές διακοπές μου μέχρι που ενηλικιώθηκα, και πλέον είναι το μόνο σπίτι μου στην Ελλάδα, το πατρικό στο Κάτω Χωριό Ιεράπετρας στο Λασίθι που αναπαλαίωσα το 2011. Είναι και ο τόπος στον οποίο επέλεξα να είμαι δυο φορές υποψήφιος βουλευτής με το Ποτάμι και τον συντοπίτη Σταύρο Θεοδωράκη, όπου φέραμε το Ποτάμι τρίτο κόμμα και με το τέταρτο καλύτερο αποτέλεσμα του πανελλαδικά και ήμουν πρώτος σε σταυρούς – αν και δεν εκλέχθηκα φυσικά. Στις Ευρωεκλογές πήρα τους περισσότερους σταυρούς μου στα Χανιά! Ένας Λασιθιώτης με πιο πολλούς ψήφους στα Χανιά από όσους στο Λασίθι, πρέπει να είναι μοναδικό ιστορικά. Στην Κρήτη περνάω πλέον πάντως όλες τις διακοπές μου, από το Λαφονήσι μέχρι το Παλαίκαστρο, με σημείο αναφοράς το σπίτι μας, στην Κρήτη κατοικούν οι περισσότεροι φίλοι μου.
