Ο ανιψιός του Ιννοκέντιου ΙΙΙ, ο Πάπας Γρηγόριος ΙΧ, έκανε την καταδίωξη των αιρετικών επίσημη αποστολή της Εκκλησίας, όταν ίδρυσε την Ιερά Εξέταση, το 1232. «Είναι καθήκον κάθε καθολικού να καταδιώξει τους αιρετικούς», διακήρυξε. Για τους επόμενους αιώνες, λεγεώνες ανελέητων ιεροεξεταστών θα διέδιδαν αυτήν την εκστρατεία τρόμου εναντίον οποιουδήποτε απέκλινε από την επίσημη διδασκαλία της Εκκλησίας ή τολμούσε να την αμφισβητήσει.
Οι Καθολικοί ενθαρρύνονταν, επί ποινή αφορισμού, να αποκαλύπτουν οποιαδήποτε αίρεση ανάμεσά τους. Παιδιά αναγκάζονταν να καταθέσουν εναντίον των γονέων τους. Μητέρες εναντίον των παιδιών τους. Οποιοσδήποτε είχε μια έχθρα μπορούσε να κάνει μια καταγγελία και να ξεφορτωθεί έναν εχθρό. Οι κατηγορούμενοι σύρονταν μπροστά στους παπικούς ιεροξεταστές για να απαντήσουν στις κατηγορίες, με πλήρη μυστικότητα. Δεν επιτρέπονταν μάρτυρες υπεράσπισης και οι μάρτυρες κατηγορίας παρέμεναν ανώνυμοι. Οι αθωώσεις ήταν σπάνιες και δεν υπήρχε έφεση. Μόλις καταδικαζόταν, το θύμα παραδιδόταν στις κοσμικές Αρχές, για να καεί στην πυρά. Για να δώσει στη νεογέννητη Ιερά Εξέταση τα εφόδια για μια καλή αρχή, ο Γρηγόριος ΙΧ εξέδιδε προσωπικά ετυμηγορίες για σχεδόν ένα χρόνο.
Επίσης προσέλαβε τους δύο πρώτους ιεροεξεταστές αποκλειστικής απασχόλησης, τον Πέτρο Σήλα και τον Γουλιέλμο Αρνάλδο, τους προδρόμους μια μακράς σειράς ευλογημένων από τον Πάπα ιεροεξεταστών, όπως ο Τομάς ντε Τορκεμάδα, ο διαβόητος εμψυχωτής της ισπανικής Ιεράς Εξέτασης. Ένας άλλος ιεροεξεταστής, ο Ρομπέρ λε Μπουρζ, πήγε στην Καμπανία της Γαλλίας, για να ερευνήσει τις κατηγορίες ότι ο τοπικός επίσκοπος επέτρεπε στις αιρέσεις να ευημερούν στην επισκοπή του. Ολόκληρη η πόλη πέρασε από δίκη και 180 άνθρωποι, συμπεριλαμβανομένου του επισκόπου, καταδικάστηκαν να καούν στην πυρά. Όχι πολύ καιρό μετά τον θάνατο του Γρηγορίου το 1241, ο Πάπας Ιννοκέντιος IV πρόσθεσε το δικό του αποτύπωμα στην Ιερά Εξέταση, όταν ενέκρινε τη χρήση βασανιστηρίων.
Πλέον μπορούσαν να αποσπαστούν ομολογίες και από τον πιο πεισματάρη αιρετικό. Επίσης, μπορούσαν να βασανιστούν και οι μάρτυρες, αν και τα αγόρια κάτω των δεκατεσσάρων και τα κορίτσια κάτω των δώδεκα εξαιρούνταν. Ο Πάπας μεγαλόψυχα απαγόρευε στους ιεροεξεταστές να ακρωτηριάζουν ή να σκοτώνουν, όταν βασάνιζαν. Επίσης, είχε δώσει εντολή ότι κάποιος μπορούσε να βασανισθεί μόνο μία φορά, αλλά η εντολή μπορούσε να ερμηνευθεί με πολλούς τρόπους, καθώς μία σύνοδος βασανισμών μπορούσε να διαρκέσει εβδομάδες.
Τελικά κυκλοφόρησε ένας οδηγός για ιεροεξεταστές, η λεγόμενη «Βίβλος των Νεκρών»: «Αν κάποιος ομολογεί, αποδεικνύεται ένοχος από τη δική του ομολογία. Αν δεν ομολογεί, είναι εξ ίσου ένοχος, από τα στοιχεία των μαρτύρων. Αν κάποιος ομολογεί το σύνολο των πράξεων για τις οποίες κατηγορείται, είναι αναμφισβήτητα ένοχος για το σύνολο. Όμως αν ομολογήσει μόνο ένα μέρος, θα πρέπει και πάλι να θεωρείται ένοχος για το σύνολο, αφού αυτό που ομολόγησε αποδεικνύει ότι μπορεί να είναι ένοχος και τα άλλα σημεία της κατηγορίας.
Ο σωματικός βασανισμός έχει αποδειχθεί ο πιο ευεργετικός και αποτελεσματικός τρόπος που οδηγεί στην πνευματική μετάνοια. Ως εκ τούτου, η επιλογή της καταλληλότερης μεθόδου αφήνεται στον κριτή της Ιεράς Εξέτασης, που αποφασίζει ανάλογα με την ηλικία, το φύλο και τη φυσική κατάσταση του ατόμου. Εάν, παρά τα μέσα που χρησιμοποιούνται, ο δυστυχής παλιάνθρωπος εξακολουθεί να αρνείται την ενοχή του, πρέπει να θεωρείται θύμα του Διαβόλου. Και ως τέτοιος, δεν αξίζει συμπόνια από τους υπηρέτες του Θεού, ούτε το έλεος και την επιείκεια της Μητέρας Εκκλησίας. Είναι τέκνο της απώλειας. Αφήστε τον να χαθεί με τους καταραμένους».
(Πηγή: www.mixanitouxronou.gr – απόσπασμα από το βιβλίο «ΒΑΣΙΛΙΚΑ ΣΚΑΝΔΑΛΑ», Michael Farquhar. ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΕΝΑΛΙΟΣ )