Προβληματισμό στις αστυνομικές αρχές και στη Μητρόπολη έχουν προκαλέσει κρούσματα κλοπών, που έχουν σημειωθεί σε εκκλησίες του Μυλοποτάμου το τελευταίο διάστημα.
Όπως αναφέρει το Goodnet, το Σάββατο, άγνωστοι μπήκαν σε μικρή εκκλησία στην Λαγκά Μυλοποτάμου, από όπου αφαίρεσαν τάματα, που είχαν αφιερώσει πιστοί, ενώ τις ημέρες του Πάσχα έγινε μία ακόμα κλοπή σε εκκλησία της Κράνας, από όπου αφαιρέθηκε ένα μικρό χρηματικό ποσό που βρέθηκε στο παγκάρι. Επίσης, διαπιστώθηκε και μία απόπειρας κλοπής σε εκκλησία της περιοχής, η οποία δεν τελεσφόρησε για τους δράστες.
Τα γεγονότα αυτά έχουν καταγραφεί από την αστυνομία και έχει ενημερωθεί και η Μητρόπολη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου, από την οποία έχουν γίνει συστάσεις προς τους ιερείς να είναι προσεκτικοί και να μην αφήνουν χρήματα ή άλλα πολύτιμα αντικείμενα στους ναούς, ώστε να αποτραπεί το φαινόμενο.