Η πρώτη αναφορά στη διεξαγωγή κολυμβητικών αγώνων στα Χανιά έγινε κατά την περίοδο της Κρητικής Πολιτείας (1898-1913) και συγκεκριμένα στις 9/3/1906 στην εφημερίδα «Νέα Έρευνα» με το άρθρο «Οι Παγκρήτιοι Αθλητικοί Αγώνες του 1906 εν Χανίοις». Οι αγώνες, όπως αναφέρει και ο τίτλος, διεξάχθηκαν στα Χανιά στην πλατεία του Τοπανά (μετέπειτα πλατεία Λουμπάνσκη) στο πλαίσιο της προετοιμασίας για τη Μεσολυμπιάδα του 1906 στην Αθήνα και περιελάμβαναν κι άλλα αγωνίσματα. Την επιτυχημένη διοργάνωση είχε αναλάβει ο Αθλητικός Σύλλογος «Διαγόρας» με πρόεδρο τον Εμμανουήλ Πωλιουδάκη και εκτός από το μεγάλο φίλαθλο κοινό πολλοί ανώτεροι αξιωματικοί των Προστάτιδων Δυνάμεων συμμετείχαν τόσο στην ελλανόδικο επιτροπή όσο και στα αγωνίσματα (ειδικά στη σκοποβολή). Ο αρθρογράφος Κ. Φλέγκελ στη δεύτερη σελίδα της εφημερίδας περιγράφει τα αγωνίσματα, τη σκοποβολή, την ποδηλασία, τον στίβο και την κολύμβηση. Νικητής στην κολύμβηση αναδείχθηκε ο Ηρακλειώτης Ιωάννης Μαυριγιαννάκης, χωρίς να γνωρίζουμε την απόσταση που αγωνίστηκε.
Πέρασαν σχεδόν τρείς δεκαετίες για την ίδρυση οργανωμένου συλλόγου κολύμβησης στην πόλη (σύμφωνα με τον σωζόμενο τοπικό Τύπο). Στην τελευταία σελίδα της εφημερίδας «Κήρυξ» στις 5/5/1933 αναφέρεται η ίδρυση του «Ναυτικού Ομίλου Χανίων». «Κατόπιν αποφάσεως του Πρωτοδικείου Χανίων ενεκρίθει το Καταστατικόν του ιδρυθέντος εις την πόλη μας «Ναυτικού Ομίλου Χανίων». Είναι, γενικώς, αναγνωρισμένη η ανάγκη υπάρξεως τοιούτου Σωματείου, με σκοπόν να διαδώση τα θαλάσσια αγωνίσματα, ιδία δε, το Κολύμβημα και την Κωπηλασίαν. Προ διετίας είχεν ιδρυθή ενταύθα Τμήμα της Θαλασσίας Ενώσεως, το οποίον, μέχρι σήμερον, δεν έδειξε σημεία ζωής[…]Κατόπιν της επικυρώσεως του καταστατικού, συνήλθον, προχθές, εις την αίθουσαν του «Χρυσοστόμου» οι ιδρυταί και τα πρώτα μέλη του Ναυτικού Ομίλου και εξέλεξαν ως μέλη του διοικητικού συμβουλίου αυτού, δια την πρώτην διετίαν τους κ. Εμμ. Παπαγιαννάκην, δικηγόρον, Μιχ. Σάκκαρην, Λιμενάρχην, Γιώργιον Σουλάκον, βιομήχανο, Α. Αλύπιον και Στυλ. Κουράκην, ούτοι δε θα εκλέξουν, μεταξύ των, τον Πρόεδρον, τον Γραμματέα και τον Ταμίαν του Ομίλου, θα επιδιώξουν δε την εγγραφήν, και νέων μελών[…]Δια την λειτουργίαν αυτού είναι αναγκαία η απόκτησις λέμβων και η διοργάνωσις αγώνων[…]».
Όπως φαίνεται ο πρώτος οργανωμένος σύλλογος για θαλάσσια σπορ ήταν η «Θαλάσσια Ένωση» το 1931, η οποία όμως ατόνησε και δεν πέτυχε να δημιουργήσει τμήματα κολύμβησης και κωπηλασίας. Η δεύτερη προσπάθεια έγινε με επίσημο τρόπο, δηλαδή με τη χρήση καταστατικού και τη συμμετοχή εξεχόντων μελών της τοπικής κοινωνίας, όπως ο λιμενάρχης, βιομήχανοι και δικηγόροι. Η αστική τάξη της πόλης για πολλοστή φορά έδειξε τον δυτικοευρωπαϊκό πολιτισμικό προσανατολισμό της και την κουλτούρα της. Εντούτοις, ο «Ναυτικός Όμιλος Χανίων» προς το τέλος του 1934 είχε αδρανήσει, διότι δεν υπήρχαν οικονομικοί πόροι (Κήρυξ» 21/12/1934).
