Μετά από απουσία δύο ετών, ο Γιάννης Πετράκης επέστρεψε στη Super League. Το ντεμπούτο του στον πάγκο του Απόλλωνα Σμύρνης δεν συνοδεύτηκε από καλό αποτέλεσμα, αλλά ήταν ένας σημαδιακός αγώνας για τον κρητικό τεχνικό. Ήταν ο 200ος του αγώνας στη Super League, όπως σχετικά αναφέρει η ιστοσελίδα της λίγκας.
Εμφανίστηκε στην κατηγορία στις 7 Ιανουαρίου 2013 ως προπονητής του ΟΦΗ, ακολούθησε ο Εργοτέλης, αλλά η παρουσία του για έξι σεζόν στον ΠΑΣ Γιάννινα “σημάδεψε” την καριέρα του. Ο Πετράκης είναι ο 39ος προπονητής στην ιστορία της Α’ Εθνικής/Super League, που φτάνει τους 200 αγώνες, και 24ος μεταξύ Ελλήνων.
Να σημειωθεί πως όταν ο γιός του Γιώργος εργάστηκε στη Λαμία, υπήρξαν η μοναδική περίπτωση πατέρα και γιού, που ήταν σε πάγκους ομάδων την ίδια χρονική στιγμή. Αναλυτικά οι αγώνες με κάθε ομάδα(Σε παρένθεση νίκες, ισοπαλίες και ήττες):
ΟΦΗ : 15 (4-3-8)
Εργοτέλης : 19 (4-3-8)
ΠΑΣ Γιάννινα : 165 (50-54-61)
Απόλλων Σμύρνης: 1 (0-0-1)
Σύνολο : 200 (58-65-77)
