Σημαντικός και με μεγάλο ενδιαφέρον είναι ο φυσικός πλούτος της Θεσσαλίας. Πρόκειται για μια περιοχή που συνδυάζει το βουνό και τη θάλασσα, τις ορεινές και ημιορεινές περιοχές με πυκνές δασικές εκτάσεις. Ιδιαίτερο στοιχείο είναι και οι υγρότοποι που υπάρχουν στην περιοχή, όπου αναπτύσσεται ενδιαφέρουσα πανίδα και χλωρίδα.
Άγνωστοι στο ευρύ κοινό είναι οι υγρότοποι της περιοχής του νομού Λάρισας, ενώ η συζήτηση για το παρόν και το μέλλον τους, άνοιξε έντονα, κυρίως μετά και το φαινόμενο Ντάνιελ, τις καταστροφές που προκάλεσε, αλλά και τις αλλαγές που δημιούργησε στην περιοχή της Θεσσαλίας, σε λίμνες και ποταμούς με κυρίαρχο το ζήτημα της Λίμνης Κάρλα.
Οι υγρότοποι, σφύζουν από ζωή. Δημιουργούν ποικίλα μωσαϊκά οικοτόπων και συνιστούν ενδιαιτήματα για πολλά απειλούμενα είδη. Ιδιαίτερα θαυμαστή είναι η πληθώρα υδρόβιων πουλιών που βρίσκουν εκεί χώρους για αναπαραγωγή, φώλιασμα, τροφή και ξεκούραση. Πολλά από τα είδη είναι μεταναστευτικά και προστατεύονται άμεσα ή έμμεσα από Διεθνείς Συμβάσεις (όπως της Βέρνης για τη διατήρηση της άγριας ζωής και του φυσικού περιβάλλοντος της Ευρώπης, της Βόννης για τη διατήρηση των αποδημητικών ειδών της άγριας πανίδας) και από την ευρωπαϊκή Οδηγία για τα πτηνά.
Σημαντικοί υγρότοποι για την περιοχή του νομού Λάρισας βρίσκονται κυρίως στην περιοχή της Ελασσόνας, που δημιουργήθηκαν ως αποτέλεσμα των τεχνιτών φραγμάτων και αποτελούν ένα ενδιαφέρον φαινόμενο.
Κάποιοι από αυτούς στην ευρύτερη περιοχή της Περιφερειακής ενότητας Λάρισας είναι η μικρή Λίμνη Κεφαλόβρυσου που καταλαμβάνει έκταση 94 στρ. και βρίσκεται σε πολύ μικρή απόσταση από τον ομώνυμο οικισμό του δήμου Ελασσόνας. Η λίμνη δημιουργείται από πηγαία νερά λόγω της ύπαρξης φράγματος. Το βάθος της σε πολλά σημεία φθάνει τα 5 μ. και τα υπερχειλίζοντα νερά της εκβάλλουν στο ρέμα Βούλγαρη. Στη λίμνη συναντά κανείς αργυροτσικνιάδες, κορμοράνους και βουτηχτάρια.
Επίσης, το εσωτερικό έλος Παλιομάνας Ελασσονίτη καταλαμβάνει έκταση περίπου 112 στρ. και σχηματίζεται σε παραπόταμο του ποταμού Ελασσονίτη. Καλύπτεται από καλαμώνα, περιβάλλεται από ιτιές και λεύκες και εντάσσεται στο Δίκτυο Natura 2000 ως Ζώνη Ειδικής Προστασίας σύμφωνα με την ευρωπαϊκή Οδηγία για τα πτηνά.
Στην περιοχή της Καρυάς, οι υγρότοποι καταλαμβάνουν έκταση περίπου 141 στρ και βρίσκονται στις παρυφές του Ολύμπου, νοτιοανατολικά του οικισμού της Καρυάς του Δήμου Ελασσόνας, στην Περιφερειακή Ενότητα Λάρισας. Δημιουργήθηκαν από χωμάτινα φράγματα κατά μήκος της ροής ρέματος, το οποίο εκβάλλει στο ρέμα Συκαμινιάς.
Στην περιοχή της Μηλιάς, καταλαμβάνουν συνολική έκταση περίπου 176 στρ. και βρίσκονται μεταξύ των οικισμών Μηλιά και Φαρμάκη του δήμου Ελασσόνας
Στο Πυθίο, οι υγρότοποι καταλαμβάνουν συνολικά έκταση περίπου 148 στρ. και βρίσκονται δυτικά του ομώνυμου οικισμού στην Ελλασόνα. Δημιουργήθηκαν από χωμάτινα φράγματα σε ρέματα της λοφώδους, ημιορεινής περιοχής.
Παράλληλα, μια άγνωστηλίμνη βορειοανατολικά της πόλης του Τυρνάβου (Μάτι) αποτελεί σήμερα μια ιδιαίτερη λίμνη της Θεσσαλίας και παρά τη μικρή της έκταση αποτελεί τον πυρήνα ενός οικοσυστήματος με πλούσια χλωρίδα και πανίδα.
Τέλος, σημαντικός υδροβιότοπος με πλούσια ιχθυοπανίδα, πάνω από 200 είδη πουλιών, ενδημικά και αποδημητικά, είναι το Δέλτα του Πηνειού μεταξύ του Ολύμπου, του Κισσάβου και των Τεμπών.
Το Δέλτα του Πηνειού αποτελεί έναν υγρότοπο πολύ σημαντικό στη διαφύλαξη της βιοποικιλότητας και της οικολογικής ισορροπίας και έχει χαρακτηριστεί ως Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους.
Το Δέλτα Πηνειού καταλαμβάνει έκταση περίπου 8.585 στρ. και βρίσκεται στον Δήμο Τεμπών, στην Περιφερειακή Ενότητα Λάρισας. Πρόκειται για το εκτεταμένο δελταϊκό σύστημα του μεγαλύτερου ποταμού της Θεσσαλίας.
Η ιχθυοπανίδα του Δέλτα είναι επίσης πλούσια, καθώς περιλαμβάνει είδη που ζουν αποκλειστικά σε γλυκό νερό, μεταξύ των οποίων και ενδημικά του Πηνειού όπως το σίρκο της Θεσσαλίας ο θεσσαλογωβιός, είδη που μπορούν να ζήσουν σε διάφοραεπίπεδα αλατότητας , καθώς και είδη που ανεβαίνουν στους ποταμούς για να αναπαραχθούν. Στην περιοχή του Δέλτα διαβιούν επίσης, αρκετά είδη ερπετών, αμφιβίων και θηλαστικών, μεταξύ των οποίων ορισμένα σπάνια και προστατευόμενα όπως η βίδρα.
Όπως αναφέρεται σε μελέτη της Περιφέρειας Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Μουσείο Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας Ελληνικό Κέντρο Βιοτόπων- Υγροτόπων (ΕΚΒΥ) ορισμένοι από τους υγροτόπους της Θεσσαλίας περιλαμβάνονται σε προστατευόμενες περιοχές (26 από τους 91), όπως οι μεγάλες τεχνητές λίμνες Ταυρωπού, Κάρλα και Παναγιώτικου, το δέλτα Πηνειού, τα παράκτια έλη του Όρμου Σούρπης και της Λειχούρας, τα εσωτερικά έλη της Μεταμόρφωσης και της Παλιομάνας Ελασσονίτη, καθώς και κάποιοι μικροί υγρότοποι, όπως η Δρακολίμνη Βερλίγκα, οι λίμνες Ζερέλια, αλλά και τεχνητά λιμνία όπως Φλαμπουρεσίου, Καβακιά και Καρυάς τα οποία εντάσσονται, είτε σε Καταφύγια Άγριας Ζωής, είτε σε Ζώνες Ειδικής Προστασίας για τα πτηνά.
