Η συγκομιδή είναι καθοριστική για το εισόδημα του παραγωγού. Θέλουμε μεγάλη ποσότητα ελαιόκαρπου που να περιέχει πολύ λάδι, άριστων ποιοτικών χαρακτηριστικών (χημικών και οργανοληπτικών) και να μην έχει υπολείμματα φυτοφαρμάκων.
Eπειδή όμως ο ελαιώνας εκτίθεται σε πολλούς εξωτερικούς παράγοντες που δεν μπορούμε να ελέγξουμε απόλυτα, προσπαθούμε να μειώσουμε τους κίνδυνους ζημιάς και όπως είδαμε και τα προηγούμενα χρόνια, οι κυριότεροι κίνδυνοι είναι η καρπόπτωση από καιρικά αίτια και η ποιοτική και ποσοτική υποβάθμιση από τον δάκο. Μία λύση είναι να μαζέψουμε τις ελιές νωρίτερα, ξεκινώντας από τον Οκτώβριο, αν ο καρπός είναι ώριμος, με προτεραιότητα στους αρδευόμενους ελαιώνες και τα δέντρα μέσου και χαμηλού φορτίου καρποφορίας. Το Ινστιτούτο Ελιάς και Υποτροπικών Φυτών παρέχει στους παραγωγούς υπηρεσία προσδιορισμού ελαιοπεριεκτικότητας για να μπορούν να αποφασίσουν πότε είναι η κατάλληλη εποχή συγκομιδής συνυπολογίζοντας την πρόβλεψη του καιρού (αν αναμένεται κακοκαιρία υπάρχει κίνδυνος καρπόπτωσης από τους ανέμους ή από την απότομη πτώση θερμοκρασίας όπως και αδυναμία συγκομιδής λόγω βροχόπτωσης) και τους ψεκασμούς που έχουν προηγηθεί (συγκομίζουμε μόνο μετά το χρονικό διάστημα που προβλέπεται για κάθε φυτοφάρμακο).
Ο ελαιόκαρπος είναι αρχικά πράσινος και στη συνέχεια κίτρινος, ιώδης, μαύρος. Η ποσότητα ελαιολάδου αυξάνεται όσο ο καρπός ωριμάζει. Αυτή η διαδικασία γίνεται με μεγαλύτερο ρυθμό όταν το φθινόπωρο έχουμε ηλιοφάνεια και υψηλή θερμοκρασία αλλά και διαθεσιμότητα νερού. Έτσι από ποσοτικής απόψεως αξίζει να περιμένουμε την πλήρη ωρίμανση του καρπού και να μαζεύουμε όταν όλοι οι καρποί είναι μαύροι. Όμως, στους υπερώριμους καρπούς υποβαθμίζεται η ποιότητα γιατί χάνονται κάποια πολύτιμα συστατικά. Επειδή στόχος μας πρέπει να είναι η καλύτερη δυνατή ποιότητα του ελαιολάδου, είναι προτιμότερο να μαζεύουμε τους καρπούς όταν είναι κίτρινοι ή ιώδεις οπότε και αυτά τα συστατικά βρίσκονται σε μεγαλύτερες συγκεντρώσεις.
Οι περισσότεροι αγρότες έχουν ελαιόδεντρα σε πολλά αγροτεμάχια σε διαφορετικές περιοχές. Το ιδανικό στάδιο συγκομιδής δεν είναι ίδιο σε όλα τα χωράφια. Έτσι, κατά κανόνα, στους ορεινούς ελαιώνες οι καρποί ωριμάζουν αργότερα συγκριτικά με τους πεδινούς ελαιώνες της ίδιας περιοχής λόγω χαμηλότερων θερμοκρασιών. Οι καρποί των δέντρων με μικρή παραγωγή ωριμάζουν νωρίτερα, ακολουθούν οι καρποί των μεσάτων δέντρων και αργότερα ωριμάζουν οι καρποί στα φορτωμένα δέντρα. Οπότε κανονίζουμε τη συγκομιδή κάθε ελαιώνα αντίστοιχα. Επίσης, σε ένα ελαιώνα σε μια βουνοπλαγιά οι καρποί ωριμάζουν νωρίτερα από γειτονικούς πεδινούς ελαιώνες με τον ίδιο τύπο εδάφους γιατί λόγω της στράγγισης του εδάφους, αυτό ζεσταίνεται πιο εύκολα από τον ήλιο. Σημαντική πρωίμιση στην ωρίμανση του καρπού προκαλεί η έκθεση του χωραφιού στον ήλιο. Έτσι, πρώτα συγκομίζουμε ελαιώνες με νότια έκθεση και αργότερα ελαιώνες με βορινή έκθεση. Είναι πολύ σημαντικό να μην ανακατεύουμε καρπό διαφορετικής ποιότητας. Σε ένα χωράφι μπορεί τα δέντρα να έχουν άριστο καρπό ενώ σε ένα άλλο ο καρπός να είναι υποβαθμισμένος λόγω έντονης προσβολής από δάκο. Αν ελαιοποιήσουμε μαζί την παραγωγή των δύο χωραφιών θα χάσουμε την ποιότητα του καλού χωραφιού και θα πάρουμε ελαιόλαδο ενδιάμεσης οξύτητας αλλά χαμηλής ποιότητας γιατί τα μειονεκτήματα του προσβεβλημένου καρπού θα παραμείνουν στο λάδι.
Όταν τα δέντρα έχουν διψάσει πολύ το καλοκαίρι, οι καρποί μπορεί να μεταχρωματιστούν σε ιώδες και να φουσκώσουν με την απορρόφηση νερού αμέσως μετά τις πρώτες βροχές. Αυτή η αλλαγή δεν σημαίνει ότι έχουν ωριμάσει. Στην πραγματικότητα, η ελαιοπεριεκτικότητα τους είναι μικρή. Θα χρειαστεί να μεσολαβήσει ένα διάστημα λίγων εβδομάδων με ηλιοφάνεια για να συνεχιστεί η δημιουργία λαδιού και να προχωρήσουμε στη συγκομιδή. Σε αρκετά σύγχρονα ελαιουργεία υπάρχουν συσκευές μέτρησης της ελαιοπεριεκτικότητας σε μικρό δείγμα καρπού μέσα σε λίγα λεπτά. Έτσι θα μπορούσε ένας αγρότης να πάρει λίγο καρπό από το χωράφι, να μετρήσει πόσο λάδι έχει και στη συνέχεια να αποφασίσει πότε θα προχωρήσει στη συγκομιδή για να έχει τον άριστο συνδυασμό ποσότητας και ποιότητας ελαιολάδου. Για κάποιες περιοχές της Κρήτης υπάρχουν διαθέσιμες αρκετές μετρήσεις και συγκεκριμένες οδηγίες από πρόσφατη μελέτη (Μετζιδάκης, 2008. Προσδιορισμός του Κατάλληλου Χρόνου Συγκομιδής των Ελαιοποιήσιμων Ελιών. ΕΟΠ ΕΛΑΙΟΥΡΓΙΚΗ στα πλαίσια του Καν 2080/05).
Σε ορισμένες περιοχές, η συγκομιδή του καρπού γίνεται μετά τη φυσική πτώση του σε πλαστικά δίχτυα που είναι απλωμένα στο έδαφος. Σε αυτή την περίπτωση παρατηρείται σημαντική υποβάθμιση της ποιότητας, πρώτον γιατί ο καρπός που πέφτει είναι κατά κανόνα προχωρημένης ωριμότητας, δεύτερον γιατί έρχεται σε επαφή με χώμα και άλλα υλικά και τρίτον γιατί παραμένει πάνω στα δίχτυα αρκετές μέρες έως τη συγκομιδή. Για να παραχθεί καλύτερο λάδι πρέπει η συγκομιδή να γίνει με ραβδισμό ή τουλάχιστον να μαζεύουμε τους καρπούς από τα δίχτυα κάθε βδομάδα.
Ο χειριστής του ραβδιστικού μηχανήματος πρέπει να αδειάζει το κάθε κλαδί με ένα πέρασμα και να μην κάνει κύκλους γύρω από το δέντρο ξανά και ξανά για να αποφύγουμε το πάτημα του καρπού που έχει πέσει κάτω γιατί αυτό οδηγεί σε σημαντική υποβάθμιση της ποιότητας. Για να μην υποβαθμιστεί η ποιότητα του καρπού προτείνεται η μεταφορά του μέσα σε τελάρα ή υφασμάτινα σακιά γιατί ο καρπός αερίζεται και διατηρείται καλύτερα η ποιότητα του. Στα πλαστικά σακιά, λόγω της έλλειψης αερισμού, ο καρπός ζεσταίνεται και υποβαθμίζεται σημαντικά. Επίσης, καλό είναι να μην χρησιμοποιούμε μεγάλα σακιά για να περιορίσουμε τη συμπίεση του καρπού. Για τον ίδιο λόγο, καλό είναι να μη σωριάζουμε πολλά σακιά το ένα πάνω στο άλλο στην καρότσα του αγροτικού οχήματος ή στην αναμονή στο ελαιοτριβείο. Η μεταφορά του ελαιόκαρπου και η επεξεργασία του στο ελαιουργείο πρέπει να γίνεται την ίδια μέρα της συγκομιδής. Το να αποθηκεύουμε σακιά με ελαιόκαρπο μερικές μέρες μετά τη συγκομιδή για να μαζευτεί μεγάλη ποσότητα και μετά να προχωρήσουμε στην ελαιοποίηση έχει καταστροφικές συνέπειες στην ποιότητα του ελαιολάδου.
Βασική προϋπόθεση για να ανταμειφθεί ο κόπος του αγρότη είναι το ελαιόλαδό του να εμφιαλωθεί με ταυτότητα ή να συγκεντρωθεί σε μια δεξαμενή με ελαιόλαδα ίδιας ποιότητας έτσι ώστε να μπορεί να διαπραγματευθεί η ομάδα παραγωγών την καλύτερη δυνατή τιμή έχοντας μια αξιόλογη ποσότητα ελαιολάδου στη διάθεσή της. Μπορεί να υπάρχουν παραδείγματα πετυχημένων μεμονωμένων παραγωγών αλλά η διέξοδος για την πλειοψηφία των αγροτών βρίσκεται στην οργάνωση σε ομάδες.
