Το 1900 – 1550 π.Χ. τα πρώτα Ελληνικά φύλα που εγκαθίστανται στην Ηπειρο είναι οι Θεσπρωτοί. Ενα παρακλάδι τους οι Έλλοπες ή Σέλλοι ή Έλλοι, κατοικούν στην κοιλάδα της Δωδώνης στο λεκανοπέδιο των Ιωαννίνων, την αρχαία Ελλοποία. Αυτοί εισάγουν τη λατρεία του Διός και της Δρυός. Ο Όμηρος το χαρακτηρίζει γένος ιερατικό στην Υπηρεσία του Δωδωναίου Δία. Πιθανόν το όνομα Ελληνες να προέκυψε από το Ελλοι.
Η Δωδώνη κατά τη Μυκηναϊκή περίοδο αποτελεί ονομαστό μαντείο, το επισκέπτονται και προσεύχονται μεγάλα ονόματα της εποχής αναφέρει ο Ομηρος, όπως ο Ορέστης, ο Θεμιστοκλής, ο Κροίσος, ο Αγησίλαος, ο Ηρακλής, ο Πλάτωνας κ.α.
Το 12ο π.Χ. αιώνα διαδραματίζεται η “κάθοδος των Δωριέων” που αναστάτωσε την Ηπειρο και εν συνεχεία ολόκληρο τον Ελλαδικό χώρο. Τα υπάρχοντα φύλα μετακινήθηκαν και αντικαταστάθηκαν από νέα, με ισχυρότερους τους Μολοσσούς. Μετά τον θάνατο του Φιλίππου Β’ της Μακεδονίας (336 π.Χ.) η Ηπειρώτισσα σύζυγος του Ολυμπιάδα, εκδηλώνοντας θερμά ενδιαφέρον για το Ιερό επηρέασε τον γιό της Μ.Αλέξανδρο, μαζί με άλλα πέντε πανελλήνια ιερά να ανακαινίσει και την κάπως παραμελημένη Δωδώνη.
Μετά το 340 π.Χ. υπό την επιρροή του Μ. Αλέξανδρου, τους Μολοσσούς θα διαδεχθεί η συμμαχία των Ηπειρωτών, που θα μετατρέψουν τη Δωδώνη σε ιερό αφιερωμένο στη λατρεία του Δία. Η τοποθεσία αποκτά και πολιτικό χαρακτήρα και αποτελεί επίκεντρο εξελίξεων με αυξανόμενο κύρος και σημασία. Αποκτά τα απαιτούμενα οικοδομήματα (Βουλευ τήριο, Πρυτανείο) για τις πολιτικές συναθροίσεις. Ανοικοδομούνται παράλληλα και νέοι ναοί: της Διώνης, της Αφροδίτης, της Δήμητρας και ένας ισοδομικός περίβολος που περιέκλειε και απομόνωνε τα θρησκευτικά κτήρια. Το 297-272 π.Χ με την άνοδο στον θρόνο του βασιλιά Πύρρου, κατά την Ελληνιστική περίοδο η Ηπειρος θα γνωρίσει μεγάλη ακμή, ανακαινίzεται ριζικά και το ιερό της Δωδώνης, με μνημειακό ναό του Δία και του Ηρακλή και το γιγαντιαίο θέατρο.
Ο Ηρόδοτος (484 π.Χ-410 π.Χ) αναφέρει ως ελληνικότατη την Ήπειρο, το δε Μαντείο της Δωδώνης ως το αρχαιότερο της Ελλάδος. Ο αρχαίος γεωγράφος Στράβων (67 π.Χ.-23 μ.Χ) αναφέρει στα «Γεωγραφικά» του ότι οι Ηπειρώτικες φυλές ήταν ένδεκα (11), ήτοι 1. Χάονες (στις σημερινές περιοχές Χειμάρας-Δελβίνου μέχρι Φιλιατών) 2. Θεσπρωτοί (στις περιοχές Φιλιατών, Παραμυθιάς και Πάργας) 3. Μολοσσοί (στο κεντρικό τμήμα του νομού Ιωαννίνων και στην ανατολική και νοτιοανατολική ορεινή περιοχή) 4. Κασσωπαίοι (στην περιοχή Πρέβεζας και μέρος της περιοχής της Άρτας στον Αμβρακικό κόλπο) 5. Αθαμάνες (στην περιοχή των Αθαμανικών ή Τζουμέρκων Ορέων) 6. Αμφιλόχιοι (νοτιότερα των Αθαμάνων μέχρι τον Αμβρακικό κόλπο) 7. Ορέσται (στην περιοχή Δυτικής Μακεδονίας και Ηπείρου μεταξύ Γρεβενών και Κόνι τσας) 8. Ατιντάνες (στις κοιλάδες του Αώου και του Αψού ποταμού.) 9. Παραβαίοι ή Παρωραίοι (στην κοιλάδα μεταξύ στενών Κλεισούρας Βορείου Ηπείρου και περιοχή Κόνιτσας, καθώς επίσης και στην περιοχή των Ζαγοροχωρίων) 10. Τυμφαίοι (στα βορειανατολικά της Πίνδου μεταξύ του όρους Ζυγού και της πεδιάδας της Καστοριάς μέχρι της πηγές του Αλιάκμονα) και 11. Αίθικες (στον γεωγραφικό χώρο μεταξύ Τυμφαίων και Αθαμάνων στην ορεινή περιοχή μεταξύ Χασίων και Ζυγού Μετσόβου).
