Τον Ιανουάριο του 1883 υπήρχε ένα σημαντικό εκκλησιαστικό ζήτημα στα Χανιά, το οποίο ταλάνιζε το χριστεπώνυμο πλήρωμα της τοπικής εκκλησίας. Ο επισκοπικός θρόνος της Επισκοπής Κυδωνίας και Αποκορώνου χήρευε την τελευταία διετία και δεν μπορούσε να βρεθεί λύση. Η εκλογή του επισκόπου Ιερόθεου στον επισκοπικό θρόνο το προηγούμενο έτος από τη σύνοδο των επισκόπων προκάλεσε τη σφοδρή αντίδραση των τοπικών αρχών, με αποτέλεσμα ο κυρ Ιερόθεος να μετατεθεί στην Επισκοπή Ρεθύμνου και Αυλοποτάμου. Ο δημοσιογράφος αναφέρει ότι: «[…]ουχί διότι ο χειροτονηθείς δεν εκέκτητο τα προσόντα του επισκόπου, ή ότι το πρόσωπον αυτού δεν απήρεσε τω λαώ, αλλά διότι ο λαός εθεώρει εν τη εκλογή αυτού καταπατούμενα δικαιώματα αυτού ανεγνωρισμένα και επι των κανόνων της Εκκλησίας τεθεμελιωμένα, ερχόμεθα να καταδείξωμεν τη επισκοπική συνόδω, είποτε συνέλθη, οποίον αυτή επιβάλλεται καθήκον, του μη προβήναι εις ψήφισιν αρχιερέως Κυδωνίας και Αποκορώνου, άνευ προηγουμένης υποδείξεως παρά του λαού των αρεστών αυτού[…]». Με άλλα λόγια, ο λαός των Χανίων ήθελε να επιλέξει τον υποψήφιο επίσκοπο και όχι να του επιβληθεί από την μητρόπολη Κρήτης και την επισκοπική σύνοδο.
Το δημοσίευμα της εφημερίδας «Πατρίς» (15/1/1883) ήταν η απάντηση στο τηλεγράφημα του μητροπολίτη Κρήτης Τιμόθεου, το oποίο ανέφερε ότι: «Επισκοπής Κυδωνίας χηρευσάσης νέος επίσκοπος ψηφισθήσεται εν μελλούση συνόδω». Ο αρθρογράφος επικαλείται την αποστολική παράδοση της εκκλησίας και τους εκκλησιαστικούς κανόνες, όπως αυτοί καταγράφονταν και ερμηνεύονταν από τον καθηγητή Θεολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών Ν.Μ. Δαμαλά. Ακολουθεί λεπτομερής περιγραφή των κανόνων από το βιβλίο του Δαμαλά για να ακολουθήσουν οι προτάσεις του συντάκτη της εφημερίδας και φυσικά των τοπικών φορέων, οι οποίοι πρότειναν είτε να μεταβεί ο μητροπολίτης Κρήτης στα Χανιά και να συγκαλέσει λαϊκή συνέλευση των Δημάρχων ή και των Δημογερόντων της Επισκοπής Κυδωνίας και Αποκορώνου και να επιλέξουν τρεις υποψηφίους που πληρούν τα προσόντα για τη θέση του επισκόπου είτε με γράμμα ο μητροπολίτης να αναθέσει στους Δημογέροντες να του προτείνουν τους τρεις υποψηφίους. Από αυτούς τους τρεις η επισκοπική σύνοδος θα επιλέξει τον ένα, ο οποίος θα έχει «[…]παιδείαν, αρετήν και χρηστότητα[…]».
Πράγματι οι Χανιώτες δήμαρχοι, βουλευτές, τμηματικοί και δημοτικοί έφοροι έκαναν συνέλευση στο χώρο της δημογεροντίας και αποφάσισαν ότι ο καταλληλότερος για τη θέση του επισκόπου Κυδωνίας και Αποκορώνου ήταν ο νυν επίσκοπος Αρκαδίας Νικηφόρος.
Έστειλαν λοιπόν δυο επιστολέςˑ μία στον μητροπολίτη Κρήτης με την απόφασή τους, τονίζοντας ότι αν δεν δεχόταν ο Νικηφόρος να μην προβεί σε εκλογή άλλου υποψηφίου και μια επιστολή στον επίσκοπο Αρκαδίας, τον οποίο παρακαλούσαν να δεχτεί τη μετάθεση («Πατρίς» 22/1/1883). Τελικά, παρά τις αρχικές αντιρρήσεις του ο Νικηφόρος δέχθηκε τη μετάθεση και φάνηκε ότι λύθηκε το πρόβλημα («Πατρίς» 29/1/1883). Εντούτοις, η επισκοπική σύνοδος στο Ηράκλειο δεν ενέκρινε τη μετάθεση του επισκόπου Αρκαδίας, λόγω των αντιδράσεων των πιστών της εν λόγω επισκοπής, αντιπροτείνοντας ταυτόχρονα ως επίσκοπο Κυδωνίας και Αποκορώνου τον καθηγητή θεολογίας στην Ιερατική Σχολή της Χάλκης Ιλαρίωνα, ανιψιό του πρώην επισκόπου Ρεθύμνης Αυλοποτάμου («Πατρίς» 2/4/1883).
