Το Καστέλι συνέχισε να είναι και κατά µετά την κατάληψη των Χανιών από τους Οθωµανούς το κέντρο της πόλης των Χανιών, από όπου ξεκινούσε η εκστρατεία για την κατάληψη της υπόλοιπης Κρήτης. Το Duomo µετατράπηκε σε τζαµί του Μουσά πασά, όπως και οι υπόλοιποι, µεγάλοι καθολικοί ναοί.
Τις πολυτελείς κατοικίες των Βενετών αρχόντων, πολλοί από τους οποίους εξισλαµίστηκαν για να διατηρήσουν τα προνόµιά τους, κατέλαβαν µουσουλµάνοι, ενώ οι λαϊκότερες τάξεις κατοίκησαν στην κοντινή συνοικία της Σπλάντζιας. Στις κατοικίες αυτές προστέθηκαν ξύλινοι εξώστες (κιόσκια), που αλλοίωσαν εντελώς τον Ευρωπαϊκό χαρακτήρα της συνοικίας.
Το Βενετσιάνικο διοικητήριο συνέχισε να είναι η έδρα του Τούρκου πασά. Η οχύρωση του λόφου ενισχύθηκε µε ένα ηµισεληνοειδές τείχος στη βάση του λόφου βορειοδυτικά, στη θέση Charakia (Χαράκια) κάτω από την πλατεία της Μεραρχίας, από την οδό Σουρµελή µέχρι την οδό Αφεντούλιεφ. Το οχυρό σε ανταπόκριση µε το φρούριο Φιρκά προστάτευε την είσοδο του λιµανιού από εισβολή και κτίστηκε, σύµφωνα µε πληροφορία στο χάρτη του V.Coronelli, το 1650 ενώ φαίνεται σε σχέδιο του Alvise Marcello (1688) και σε φωτογραφίες µέχρι το 1890. Το ∆ιοικητήριο επισκέφτηκαν Ευρωπαίοι περιηγητές και το περιγράφουν σε µια κατάσταση εγκατάλειψης, όπως φαίνεται και σε απεικονίσεις προγενέστερες του 1850. Γενικά η εικόνα της περιοχής µέχρι τα µέσα του 19ου αιώνα, είναι χαρακτηριστικά ανατολίτικη µε εµφανή τα στοιχεία της αδιαφορίας και εγκατάλειψης.
Το 1852 αποφασίζεται η µεταφορά της πρωτεύουσας της Κρήτης από το Μεγάλο Κάστρο στα Χανιά µε συνέπεια την αναβάθµιση της πόλης και της µετατροπής της σε ένα διεθνές κέντρο, που συνδέθηκε µε την επίλυση του ακανθώδους «Κρητικού ζητήµατος». Έτσι αρχίζει σταδιακά η αναβάθµισή της µε κέντρο βάρος και πάλι το λόφο Καστέλι και το λιµάνι. Στη θέση του Βενετσιάνικου ∆ιοικητηρίου κατασκευάστηκε νέο, αφού κατεδαφίστηκε µεγάλο µέρος της δυτικής και η βόρεια πτέρυγας. Το νέο ∆ιοικητήριο, που θα πρέπει να έφτανε µέχρι το µέσο της πλατείας, ήταν µια ογκώδης ξυλόπηκτη κατασκευή, που κυριαρχούσε στη βορειοδυτική γωνία του λόφου, όπου εκτός από τα γραφεία διοίκησης στεγαζόταν και η κατοικία του πασά-διοικητή. Το κτήριο στηριζόταν σε µια βάση από λίθινα τόξα προς τη µεριά του λιµανιού, κάποιοι από τους πεσσούς των οποίων σώζονται.
Ο Ιταλός περιηγητής V.Simonelli δίνει µια απογοητευτική εικόνα από το εσωτερικό του ∆ιοικητηρίου, µε τον φτωχό εξοπλισµό του που θυµίζει γραφεία κάποιας δηµόσιας υπηρεσίας. Το κεντρικό κτήριο συµπλήρωναν το συγκρότηµα των ∆ικαστηρίων και διοίκησης (Μεραρχία), Στρατώνας για τη φρουρά και Φυλακές, που µέχρι τότε στεγαζόταν κάτω από άθλιες συνθήκες στο Φιρκά. Έτσι και µέσα στο πλαίσιο του γενικότερου εκσυγχρονισµού της Οθωµανικής Αυτοκρατορίας, δηµιουργήθηκε στο Καστέλι ένα εντυπωσιακό διοικητικό συγκρότηµα. Το κατώτερο µέρος των Φυλακών ήταν πύργος του Βενετσιάνικου τείχους, όπως φαίνεται σε απεικονίσεις του 19ου αιώνα.
Το κτήριο των ∆ικαστηρίων είναι ένα εντυπωσιακό συγκρότηµα γύρω από ένα αίθριο µε έντονα τα αρχιτεκτονικά στοιχεία από την περίοδο της Βενετοκρατίας, αλλά και του νεοκλασικισµού, που επικρατούσε αυτήν την εποχή και χαρακτηρίζει πολλά από τα Οθωµανικά κτήρια σε διάφορες πόλεις της Αυτοκρατορίας. Το ∆ιοικητήριο πυρπολήθηκε το 1897 από ντόπιους µουσουλµάνους για να εξαφανίσουν, σύµφωνα µε πληροφορίες της εποχής έγγραφα χρεών τους, που φυλασσόταν εκεί. Το ∆ιοικητήριο της Κρήτης µεταφέρθηκε στο απέναντι δικαστικό µέγαρο και στη θέση του καµένου διαµορφώθηκε µια ευρύχωρη πλατεία µε µοναδική θέα. Το ∆ιοικητήριο υπήρξε από τον επόµενο χρόνο έδρα της κυβέρνησης της ηµιαυτόνοµης Κρητικής Πολιτείας και έµεινε γνωστό σαν «παλάτι».
Για τις επίσηµες εµφανίσεις του ύπατου αρµοστή διαµορφώθηκε ένας ευρύχωρος εξώστης στην πρόσοψή του. Στη συνέχεια, µετά την Ένωση χρησιµοποιήθηκε για ένα διάστηµα για τον ίδιο σκοπό από το Ελληνικό κράτος, µέχρι τη µεταφορά της διοίκησης στο κτήριο του Οθωµανικού Στρατιωτικού Νοσοκοµείου (σηµερινή Νοµαρχία). Στη συνέχεια τα τρία µνηµειακά κτήρια στέγασαν την ιστορική Πέµπτη Μεραρχία του Στρατού. Ο βοµβαρδισµός του 1941 κυριολεκτικά διέλυσε τη συνοικία Καστέλι, αφήνοντας ωστόσο αλώβητα τα τρία µνηµεία-αν και αποτελούσαν στρατιωτικούς στόχους-τα οποία επιτρέπουν να έχουµε µια εικόνα της συνοικίας πριν από την καταστροφή.
Τέλος µε απλή µεταφορά πιστώσεων από το Υπουργείο Παιδείας παραχωρήθηκαν στο Πολυτεχνείο Κρήτης για να στεγάσουν εκπαιδευτικές δραστηριότητες, συνδέοντας το Ανώτατο ΄Ιδρυµα µε την παλιά πόλη σε µια προσπάθεια αναζωογόνησής της. Η αλλαγή των σχεδίων και η εσπευσµένη αποχώρηση του Πολυτεχνείου από την πόλη οδήγησε στην εγκατάλειψη των µνηµείων µε αποτέλεσµα να γίνει κατάληψη από τη συλλογικότητα Rosa Nera. Με διάφορες προφάσεις και αδιαφανείς διαδικασίες τα ιστορικά κτήρια, που χαρακτηρίζουν µια σηµαντική περίοδο της Κρήτης και κλείνουν τον κύκλο ενός µακραίωνου παρελθόντος, παραχωρήθηκαν σε ιδιωτική εταιρεία προκειµένου να µετατραπούν σε ξενοδοχείο πολυτελείας, έναντι ευτελούς ανταλλάγµατος και παρά τις αντιδράσεις του συνόλου σχεδόν των φορέων και των κατοίκων της πόλης.
Όµως όπως πολλές φορές τονίσαµε η χρήση των τριών µνηµείων και της ωραιότερης πλατείας της πόλης, θα πρέπει να παραµείνουν στο ∆ηµόσιο και να πάρουν χρήσεις αντάξιες του παρελθόντος τους, αλλά και για δραστηριότητες των φοιτητών, κρατώντας τους δεσµούς τους µε την πόλη.
*Ο Μιχάλης Ανδριανάκης είναι επίτιµος έφορος Αρχαιοτήτων
