Κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου πολέμου στα Χανιά το ποδόσφαιρο ήταν το βασικό άθλημα των κατοίκων, ψυχαγωγώντας και αμβλύνοντας τις πολιτικές και κοινωνικές αντιπαραθέσεις και ανισότητες. Έτσι, δεν προκαλούν έκπληξη οι δύο αγώνες της ομάδας της ΕΠΟΝ («Ενιαία Πανελλαδική Οργάνωση Νέων», οργάνωση νέων του ΕΑΜ) με τη Μικτή Χανίων στις 19/2/1946 (2-1 υπέρ της ομάδας της ΕΠΟΝ) και την Ιωνία στις 12/10/1946 (δεν γνωρίζουμε το αποτέλεσμα) («Κήρυξ» 19/2/1946 και 12/10/1946). Το 1946 αθλοθετήθηκαν και τρία κύπελλα: «Κύπελλο Ειρήνης» («Κήρυξ» 8/5/1946 με νικήτρια την Ιωνία), «Κύπελλο Μπαρμπόπουλου-Φουράκη» («Κήρυξ» 3/7/1946 με νικητή τον ΟΦΧ και «Κύπελλο Χριστουγέννων». Το πρώτο και το τρίτο διοργάνωσε η Ποδοσφαιρική Ένωση Χανίων, ενώ το δεύτερο οι φίλαθλοι έμποροι Μπαρμπόπουλος και Φουράκης. Αυτή την περίοδο πρωταγωνιστούσαν τέσσερεις ομάδες: Τάλως, Ιωνία, ΟΦΧ (Όμιλος Φιλάθλων Χανίων) και Ατλαντίδα.
Το 1947 διοργανώθηκαν αρκετοί φιλικοί αγώνες τόσο μεταξύ χανιώτικων ομάδων όσο και με ομάδες του Ρεθύμνου, ενώ συνεχή παρουσία είχαν και οι ομάδες του στρατού. Το Κύπελλο των Χριστουγέννων κέρδισε η Ιωνία («Κήρυξ» 20/1/1948). Το 1948 οι φιλικοί αγώνες, εκτός των προαναφερθέντων ομάδων, συμπεριλάμβαναν και ομάδες του Ηρακλείου, ενώ έγιναν και αγώνες όπου συλλέχθηκαν χρήματα για τη «Φανέλα του στρατιώτη», δηλαδή την ενίσχυση του εθνικού στρατού στον αγώνα του ενάντια στον Δημοκρατικό Στρατό («Κήρυξ» 10/2/1948 και 13/4/1948). Εδώ φαίνεται η στροφή από την προσπάθεια ειρήνης με τους αγώνες με τη συμμετοχή της ομάδας της ΕΠΟΝ το 1946 στην πλήρη στήριξη των κυβερνητικών θέσεων και του εθνικού στρατού το 1947 και 1948. Ένα αφιέρωμα στο χανιώτικο ποδόσφαιρο στον «Παρατηρητή» στις 21/9/1948 παρουσιάζει αναλυτικά τη δυναμικότητα και τις δυνατότητες των τεσσάρων πρωταγωνιστικών ομάδων της πόλης, δηλαδή του Τάλου, της Ιωνίας, της Ατλαντίδας και του ΟΦΧ. Ο Τάλως ήταν η ισχυρότερη ομάδα, η οποία στηριζόταν στη δύναμη και το θεαματικό ποδόσφαιρο, ενώ η Ιωνία βρισκόταν στη δεύτερη θέση έχοντας καλή τεχνική κατάρτιση και παλιούς ποδοσφαιριστές που είχαν δυστυχώς μεγάλο ατομισμό.
Ακολουθούσε η νεανική Ατλαντίδα, η οποία είχε καλή τεχνική κατάρτιση, δυνατή άμυνα και έπαιρνε καλά αποτελέσματα, ενώ ο τελευταίος ΟΦΧ είχε λίγους πεπειραμένους παίκτες και έλλειψη τεχνικής κατάρτισης.
Το 1949 διεξάχθηκαν λίγοι φιλικοί αγώνες κι ένα υποτυπώδες πρωτάθλημα Β’ Κατηγορίας με τη συμμετοχή των δεύτερων ομάδων της Ατλαντίδας, της Ιωνίας και των νεοφώτιστων Φωστήρα και Φαληρικού. Ο φίλαθλος Κορνηλάκης αθλοθέτησε ένα κύπελλο για την πρωταθλήτρια ομάδα, το οποίο κέρδισε η Ατλαντίδα («Κήρυξ» 2/8/1949). Γενικά, την τριετία 1947-1949 το τοπικό ποδόσφαιρο παρουσίασε κάμψη σε σχέση με το 1946 πιθανόν λόγω του Εμφυλίου.
