Η Σπηλιά είναι από τα πιο όμορφα και περιποιημένα χωριά της Κισάμου, αλλά και των Χανίων, δυόμισι χιλιόμετρα νότια του Κολυμπαρίου. Εχει μνημεία εκκλησιαστικά, νερά και πλατάνια, δραστήριους ανθρώπους και το σπήλαιο του Άι Γιάννη του Ερημίτη στον οικισμό Μαραθοκεφάλα. H Σπηλιά το 1881 ήταν έδρα του Δήμου με 555 χριστιανούς κατοίκους και το 1920 πάλι αγροτικός Δήμος με 543. Σήμερα οι κάτοικοί της δεν ξεπερνούν τους 200.
Η Μαραθοκεφάλα, χτισμένη σε υψόμετρο 120 μ. βόρεια της Σπηλιάς, έχει νότια του οικισμού το μεγάλο και ενδιαφέρον σπήλαιο του Άι Γιάννη του Ερημίτη. Η θέα από την είσοδο του σπήλιου είναι μεγαλοπρεπής προς τον κάμπο του Ταυρωνίτη και του Πλατανιά, προς τα Λευκά Ορη και ακόμη πιο ανατολικά. Το σίγουρο είναι ότι η περιοχή υπήρξε ασκητικό κέντρο μέχρι και την τελευταία περίοδο της τουρκοκρατίας, αλλά δεν διευκρινίστηκε ακόμη ποια η λατρευτική του αξία μέχρις ότου άρχισε να λατρεύεται εδώ ο Οσιος Ιωάννης. Το σπήλαιο έχει σχηματιστεί μέσα σε σκληρή και γκρίζα μάζα κροκαλοπαγών πετρωμάτων της πλειόκαινου γεωλογικής περιόδου.
Η είσοδός του, αρκετά πλατιά, δίνει την εντύπωση, με μια φυσική καμάρα, ότι αποτελείται από δύο τμήματα. Εχει μήκος περί τα 30 μέτρα και πλάτος λίγο μεγαλύτερο και ουσιαστικά τέσσερα διαμερίσματα. Το ύψος του φτάνει τα 8 μέτρα και η συνολική έκτασή του τα 700 τ.μ. Το εκκλησάκι του Αγίου είναι κτισμένο στα δεξιά της εισόδου και πάρα πολλοί πιστοί συρρέουν εδώ την 7η Οκτωβρίου κάθε χρόνο όταν πανηγυρίζει ο Αγιος. Επίσης στο σπήλαιο πραγματοποιείται από τη Μητρόπολη Κισάμου και τον εφημέριο Σπηλιάς η νυχτερινή λειτουργία των Χριστουγέννων. Ενας παλαιός θρύλος διηγείται πως η σπηλιά στο βαθύτερο σημείο της σε έναν μεγάλο σεισμό κατέπεσε και έθαψε ένα χωριό. Στη Ν.Α. κόγχη της σπηλιάς, που μοιάζει με κατακόμβη, στην “Κρύπτη του Αγίου”, όπως την έχουν ονομάσει, έχει διαμορφωθεί ο μικρός χώρος σε παρεκκλήσι.
Εκεί ο επί 40 χρόνια εφημέριος της Σπηλιάς μακαριστός πατήρ Ευάγγελος Σφακιανάκης, που έχει να παρουσιάσει ένα τεράστιο έργο στην περιοχή (μουσείο εικόνων κ.ά. πολιτιστικά και φιλανθρωπικά), έχει τελευταία πιστοποιήσει ότι τελούνταν η λατρεία του Αγίου Σπυρίδωνα και αποφάσισε να καθιερώσει τον εορτασμό του την 13η Ιουλίου, ημέρα του θαύματος με τον τυφλό. Από το μνημειώδες έργο του Νίκου Ψιλάκη “Μοναστήρια και Ερημητήρια της Κρήτης” αντιγράφω: «Το χωριό Σπηλιά βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από τη Μονή Οδηγητρίας Γωνιάς.
Οι σχέσεις του χωριού με το μεγάλο κισαμίτικο μοναστήρι ήταν στενότατες, όχι μόνο λόγω των μοναχών και των μοναζουσών απ’ αυτό το χωριό, που συχνά κοσμούσαν τη μοναστική κοινότητα της Γωνιάς (ανάμεσά τους είναι και τρεις επίσκοποι του 20ού αιώνα), αλλά και λόγω των ναών και των μετοχίων που διατηρούσε η μονή στη Σπηλιά. Ανάμεσα σε αυτούς ήταν και ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Ιωάννου του Ερημίτη, ο οποίος υπήρξε λατρευτικό και ασκητικό κέντρο κατά την τελευταία περίοδο της Ενετοκρατίας.
Η λατρευτική ιστορία του σπηλαίου ξεκινά από παλιότερα πριν από τους Αγίους που λατρεύονται εκεί, όπως παρατηρεί ο Γάλλος ελληνιστής Πωλ Φωρ. Δεν είναι γνωστό πότε άρχισε να αποκτά τη σημερινή του ιδιαιτερότητα το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη και ποιος ήταν ο λατρευτικός του χαρακτήρας την αρχαιότητα.
Η παράδοση θέλει τον Αγιο Ιωάννη τον Ερημίτη να διαμένει εκεί. Διηγούνται μάλιστα ότι δεν υπήρχε νερό και με θαύμα κατάφερε να ξεδιψάσει και ο ίδιος, αλλά και όσοι πέρασαν από τότε μέχρι και σήμερα από το σπήλαιο: Υπάρχει πάντα νερό… Πρόκειται για ένα πολύ μεγάλων διαστάσεων σπήλαιο για το οποίο εντυπωσιασμένος ο Γάλλος Felix Victor Raulin έγραψε πως χωρά 4.000 ανθρώπους!
Στο εντυπωσιακό σπήλαιο οφείλεται και η ονομασία του ίδιου του χωριού. Ο ναός είναι χτισμένος εξ ολοκλήρου μέσα στο σπήλαιο και βρίσκεται στη βορειοδυτική του πλευρά. Στην απογραφή του 1637 αναφέρεται ως μοναστήρι. Δηλώθηκε μάλιστα από τον ιερομόναχο Μελέτιο Βάυοδ. Δεν είναι γνωστό πότε απώλεσε την ανεξαρτησία της η μικρή μονή και έγινε μετόχι της Μονής Γωνιάς. Πιστεύω, όμως, ότι αυτό θα έγινε κατά τα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας.
Στον ανέκδοτο κώδικα της Μονής Γωνιάς υπάρχουν ενδείξεις για το ότι στο χωριό Σπηλιά διέμεναν μονίμως καλόγριες, ακόμη και μετά την άλωση. Ο Πόκοκ, που πέρασε από τη σπηλιά το 1739, εντυπωσιάστηκε μόνον από το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννου του Ερημίτη, χωρίς, όμως να μας δίνει περισσότερες πληροφορίες για την κατάσταση στην οποία βρισκόταν εκείνα τα χρόνια η Σπηλιά και τα μοναστήρια της».
Η εκκλησία αναφέρεται στη Βενετσιάνικη απογραφή 1634 – 1637.
