Όταν ο πατέρας τους πέθανε, οι αδελφοί εμπιστεύτηκαν στην επίβλεψη του Norbert Boccius, ιατρού και βοτανολόγου, και στο μοναστήρι του άρχισαν να ζωγραφίζουν όλα τα φυτά που ζούσαν στους κήπους, δημιουργώντας περίπου 2.700 ακουαρέλες οι όποιες συλλέχτηκαν στο βιβλίο με τίτλο Liber Regni Vegetabilis ή Codex Liechtenstein.
Στα 1780 ο Franz και ο Ferdinand μετακόμισαν στην Βιέννη και δούλεψαν για τον Βαρόνο Nikolaus Joseph von Jocquin, βοτανολόγο και καλλιτέχνη, διευθυντή των Βασιλικών Βοτανικών Κήπων του Schönbrunn και καθηγητή βοτανικής και χημείας στο Πανεπιστήμιο της Βιέννης.
Στα 1788 ο Franz μετακόμισε στην Αγγλία, και εργάστηκε για περισσότερα από 40 χρόνια ως ζωγράφος βοτανικής στους Βασιλικούς Βοτανικούς Κήπους του Kew.
Ο Ferdinand προτίμησε να ταξιδέψει και να εικονογραφήσει τα φυτά στο φυσικό τους περιβάλλον. Ταξίδεψε με βοτανολόγους και εξερευνητές σε πολλά διαφορετικά μέρη του κόσμου. Στα 1784 συνόδεψε τον John Sibthorpe, βοτανολόγο και καθηγητή στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, στο ταξίδι του στην Ελλάδα. Από αυτή την συνεργασία δημιουργήθηκε το βιβλίο Flora Graeca, που περιλαμβάνει τις πανέμορφες ζωγραφιές των φυτών του Ferdinand Bauer.
Ύστερα επιβιβάστηκε στο πλοίο Investigator και ταξίδεψε μέχρι την Αυστραλία συνοδεύοντας τον βοτανολόγο Robert Brown, οι ζωγραφιές του Bauer της χλωρίδας και της πανίδας της χώρας αυτής εκδόθηκαν στο βιβλίο Illustrationes Florae Novae Hollandiae, πρώτη μαρτυρία της φυσικής ιστορίας της Αυστραλίας. Πολλά φυτά από την Αυστραλία πήραν τον όνομα του όπως, για παράδειγμα, τα διαφορετικά είδη του γένους Bauera.
Ο Ferdinand γύρισε στην Αυστρία το 1814 και έζησε όλη την υπόλοιπη ζωή του ζωγραφίζοντας και εξερευνώντας τις Αυστριακές Άλπεις. Πέθανε στο 1826.
Για πληροφορίες και περισσότερες εικόνες από το βιβλίο Flora Graeca: http://www.bodleian.ox.ac.uk/science/resources/sherardian/flora_graeca
