Οι κατακόμβες έχουν τη δική τους μεγάλη ιστορία από το μακρινό παρελθόν με διάφορες εκδοχές εκ των οποίων πολύ πιθανότερο ν’ αποτελούσαν υπόγεια νεκροταφεία και οστεοθήκες των Χριστιανών στον βαθύ και σκοτεινό επιμήκη και πολλές φορές με πατώματα υπόγειο χώρο τους.
Στο χωριό Αρώνι του δήμου Χανίων σήμερα, υπάρχει ένας υπόγειος κάθετος λαξευτός χώρος με ξεχωριστή ιστορία η οποία αρχίζει από την περίοδο της ενετοκρατίας αμέσως μετά την οχύρωση της πόλης των Χανίων με πέτρες που εξορυχθηκαν από το χωριό και την γύρω περιοχή του Ακρωτηρίου, που έχτισαν επτανήσιοι τεχνίτες οι οποίοι ήταν Χριστιανοί. Αυτοί άνοιξαν και την κατακόμβη ως τόπο λατρείας τους για να προσεύχονται αφιερώνοντας την στον Άγιο Σπυρίδωνα, σύμφωνα με μαρτυρίες κατοίκων της περιοχής.
Τα μεταγενέστερα χρόνια αυτό το μνημείο χρησιμοποιήθηκε από τους ντόπιους ως καταφύγιο, παρέχοντας προστασία σε όλους τους χωριανούς και με τη βοήθεια του Αγίου Σπυρίδωνα, δεν έπαθε κανένας τίποτα από τους βομβαρδισμούς των Γερμανών.
Το Αρώνι πήρε την ονομασία του από το επώνυμο ενός Ενετού Ιππότη, που έμενε εκεί την περίοδο εκείνη.
